Also die Zahlen passen nicht zusammen.

Welchen Tarif hast du genau?

Welches DSL Leistungsmerkmal wurde bestätigt? 

Welche Bandbreite liegt am Router an?

Upload kommt auf gute 6 mbit/s

und

Ab und zu hat man zwar in der Nacht (ca. 0-3 Uhr) zwischen 25 und 50 mbit/s

Mal abgesehen davon, dass Megabit sich Mbit schreibt - und im Gegensatz dazu mbit nur Millibit bedeutet - diese hohen Werte sind an einem reinen MagentaZuhause XS oder MagentaZuhause S nicht möglich. Oder hast Du einen MagentaZuhause XS bzw. S Tarif mit Hybrid LTE Option?

aber der Download liegt bei 1-2 mbit/s. Wenn man etwas Downloaden will aus dem Internet, dann ist es auch oftmals nur 12kbit/s schnell

Solche Werte kann ich mir nur erklären durch etwas wie

1. Jemand anderes außer Dir nutzt den Anschluss während Deines Tests auch noch (und sei es auch nur ein MagentaTV Receiver, oder eine Cloud-Software synchronisiert im Hintergrund)
2. Du hast Hybrid und Hybrid funktioniert nicht richtig
3. Du hast Probleme in Deinem heimischen Netz, wie z.B. Du hast Powerline Adapter und jemand anderes im Haus/in der Nähe auch und Ihr habt beide auf eine Verschlüsselung verzichtet, oder Du hast einen weiteren Router aktiv mit aktivem DHCP

Download ca. 16 mbit/s haben und Upload 2,4 mbit/s haben.

Das sind die Maximalwerte laut Produktinformationsblatt für MagentaZuhause S - 16000.

Es sind auch Varianten dieses Tarifes verfügbar, bei denen lediglich 6 Mbit/s im Download als Maximum bezeichnet werden.

Upload kommt auf gute 6 mbit/s, aber der Download liegt bei 1-2 mbit/s.

Hast du da Up- und Download verwechselt?

Wenn man etwas Downloaden will aus dem Internet, dann ist es auch oftmals nur 12kbit/s schnell.

Bei Downloads zeigen die meisten Browser nicht "bit/s" an, sondern B/s - also Byte pro Sekunde. Ein Byte sind 8 Bit. Der angezeigte Wert wäre also mit 8 zu mutliplizieren. Die an einem PC angezeigte Geschwindigkeit bei einem Download ist abhängig von:

- Auslastung des Servers, von dem Heruntergeladen wird

- Auslastung der Anbindung dieses Servers an das Internet

- Auslastung der Route im Internet zu diesem Server

- Datenrate, mit der sich dein Router mit dem Internet verbunden hat

- Auslastung der Datenverbindung zwischen deinem Router und dem Internet (ggf. andere Nutzer in deinem Netz, die gerade etwas herunterladen)

- Auslastung und Qualität der Verbindung zwischen deinem Router und dem PC

- Auslastung des PCs. Gerade "schwache" Computer, bei denen viel unnützes Zeugs installiert ist (etwa Virenscanner, Firewalls und "Optimierungsprogramme" von Drittanbietern) haben schnell Probleme, die ankommenden Daten überhaupt schnell genug verarbeiten zu können

ob unsere Firewall

Ihr habe "eine Firewall"? Was genau setzt ihr da ein?

Ab und zu hat man zwar in der Nacht (ca. 0-3 Uhr) zwischen 25 und 50 mbit/s,

Obwohl der Anschluss technisch nur 16 Mbit/s als Maximum liefern können soll?

Bitte mal die genaue Tarifbezeichnung laut Rechnung angeben, dann den Typ des Routers (und wenn du kannst, gerne auch direkt die Angaben zur DSL-Verbindung laut Router).